肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。

一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。

腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。

肾囊肿属于西医病名，内科治疗常束手无挫，外科多以手术摘除为主。手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。

咽喉部有囊肿需要尽快进行手术治疗。咽喉部囊肿最常见的就是会厌囊肿以及声带囊肿，会厌囊肿常发生在会厌舌面以及会厌谷处。在治疗上可以行支撑喉镜下会厌囊肿摘除术，手术需要住院。术后还需要进行禁声治疗，低声少语，避免局部复发。

一般是需要手术切除，手术可以完整切除病损，切除之后送组织病理活检明确诊断。一般术前需要完善血常规、凝血功能以及传染病等检查，如果高龄或者既往有心脏疾病病史的话，需要做心电图了解心脏情况。检查结果没有明显的异常，无手术禁忌，可以安排择期手术治疗。

肾上的囊肿有先天性和后天性的，对于小的囊肿，可以暂时不用治疗，但是要定期复查小便常规、肾功能、肾脏彩超，观察囊肿有没有继续变大，如果囊肿直径超过四厘米其他没什么，可以做穿刺治疗，以后复查观察其大小变化。

初期小的霰粒肿、囊肿不用医治，囊肿周围或囊肿内注射药物，可以帮助吸收。通常都采用手术治疗方式进行切除，手术过后做全身检查，检查有没有其他并发症的发生。如果没有其他并发症，就用中医针灸推拿方式，来进行疗养恢复。

脑囊肿的治疗方法，主要需要根据或者囊肿的类型，囊肿的大小，以及囊肿是否引起患者相关的症状，来决定的治疗方式，对于没有任何症状的脑部囊肿，特别是脑部的蛛网膜囊肿、松果体囊肿等，并不需要特别的外科治疗，而对于引起比较明显症状的囊肿，例如表皮样囊肿等，在诊断明确之后，需要在神经外科，通过显微神经外科手术来进行囊肿切除，症状多能够逐步消失。